Solo dopo 21 anni dalla fine del primo conflitto mondiale, ecco arrivare il 1º settembre 1939 lo scoppio della seconda guerra mondiale; l’Italia entrò in guerra il 10 giugno 1940. I prodromi della guerra avvennero nel 1939 con l’invasione delle forze armate tedesche in Polonia; poi Francia e Gran Bretagna dichiararono guerra alla Germania il 3 settembre 1939 e la Polonia orientale subì l’invasione delle truppe sovietiche il 17 settembre 1939; poi queste attaccarono la Finlandia il 30 novembre 1939, mentre l’Italia dichiarava guerra a Francia e Gran Bretagna il 10 giugno 1940 e successivamente agli Stati Uniti l’11 dicembre 1941.
Germania, Giappone e Italia firmarono il patto tripartito il 27 settembre 1940. Ciò fece peggiorare i rapporti fra la minoranza slovena e la parte italiana, in quanto il regime fascista di allora usò la mano pesante verso la comunità slovena, con internamenti, processi farsa, confino e violenze. La città, nel 1941, fa da base di partenza dei nostri soldati per l’occupazione della Slovenia, con spedizioni punitive del nostro esercito contro i partigiani di Tito; seguì nel settembre 1943 la battaglia denominata di “Gorizia“ fra le truppe partigiane e tedesche con l’annessione di Gorizia e di tutta la Regione Giulia al litorale adriatico (Operationszone Adriatisches Küstenland).
La fine della guerra, persa dall’Italia, determinò per la città non di certo la liberazione e la pace, bensì l’accumularsi di problemi etnici e territoriali mai risolti con la Repubblica Jugoslava. A guerra finita la città fu occupata da truppe jugoslave dal 1º maggio al 12 giugno 1945; in questo periodo subì vendette d’ogni genere, violenze, persino la deportazione di circa un migliaio di cittadini goriziani inermi che mai fecero ritorno a casa; molti furono infoibati, altri lasciati morire di stenti e di torture nella carceri di Lubiana e di altre località della Slovenia e della Jugoslavia.
Quasi contemporaneamente giunsero in area goriziana reparti della 2ª Divisione neozelandese; tuttavia, nel clima politico incerto di quei giorni, gli Alleati mantennero una posizione prudente per evitare incidenti con le forze jugoslave, ritirandosi a qualche decina di Km dalla città. In città operava il IX Korpus partigiano, che puntava a consolidare sul terreno le rivendicazioni jugoslave sulla Venezia Giulia. La situazione venne poi regolata dagli accordi che portarono alla Linea Morgan e al ritiro delle truppe jugoslave dalla Zona A entro il 12 giugno 1945.”
Allora le autorità alleate posero fine a questa incresciosa situazione costringendo Tito con le sue truppe ad abbandonare Gorizia e tutta la Venezia Giulia che fu divisa in due zone: la Zona A, di cui facevano parte Gorizia, Trieste e Pola amministrate dalle truppe Anglo-Americane e la Zona B comprendente la rimanente parte della regione Giulia, amministrata dagli Jugoslavi. (Linea Morgan, 12 giugno 1945). Gorizia in quel periodo visse in un clima di grave prostrazione, forte oppressione e soprattutto incertezza per il futuro. Girava voce che la città e gran parte del territorio provinciale sarebbero passati alla giovane repubblica Jugoslava. Ne seguirono cortei, battaglie a suon di striscioni, scontri e dimostrazioni fra italiani e sloveni per diversi mesi, a stento contenuti e bloccati dalla Polizia Civile (corpo istituito dal Governo Militare Alleato).
Gran risalto fu dato sulla stampa e alla radio a una manifestazione avvenuta in Gorizia il 26 marzo 1946, a cui parteciparono più di 30.000 persone per l’italianità di queste terre. La manifestazione si svolse davanti ad una commissione inter-alleata che aveva il compito di riferire la situazione locale alla Conferenza di pace in Parigi, la quale poi sarebbe stata il giudice supremo del destino di queste terre. Il 10 febbraio 1947, questa decise che la quasi totalità del territorio provinciale ad est di Gorizia, compresi i sobborghi orientali della città, fossero assegnati alla Jugoslavia, mentre il resto del territorio provinciale assieme al mandamento di Monfalcone e Grado ritornassero all’Italia e quindi alla provincia Isontina; mentre Trieste rimase parte della zona A denominato Territorio Libero, neutrale e smilitarizzato, sotto la tutela dell’Onu, condotto dagli Anglo-Americani, la zona B da Capodistria ad Umago era amministrata dagli jugoslavi. Il 16 settembre del 1947 un’immensa e festosa folla di cittadini accolse l’ingresso trionfale in città dell’esercito italiano “Reggimento della Mantova“ sotto il comando del colonnello Antonio Gualano. Il trattato di pace portò come conseguenza la nuova definizione dei confini: alla Jugoslavia fu ceduto circa il 92% per cento del territorio provinciale, e i tre quinti di quello comunale. Dei 2.730 km² quadrati provinciali del 1927 ne rimasero circa 215 e di una popolazione di 270.000 abitanti poco più di 75.000, il Comune con le frazioni, da 53.000 a meno di 40.000. Con la restituzione dei territori del Monfalconese e Grado la provincia venne ampliata a 470 km² quadrati e 141.000 abitanti.