I venti della Rivoluzione francese non tardarono a farsi sentire. Napoleone Bonaparte, dopo lunghe ed estenuanti battaglie, riuscì a piegare la fiera resistenza della Repubblica Veneta e quella dell’imperatore Francesco II (poi Francesco I d’Austria).

 Il 21 marzo 1797 Napoleone Bonaparte fece il suo primo ingresso a Gorizia nell’indifferenza totale della popolazione. Istituì un governo provvisorio che durò solo due mesi; la restituzione all’Austria, che fu poi formalizzata dalla pace di Campoformio (l'attuale Campoformido) il 17 ottobre 1797, restituì la città con la sua Contea all’Austria, assieme al mandamento di Monfalcone e Grado, che appartenevano a Venezia; ciò segnò definitivamente la fine della millenaria Repubblica Veneta. Il generalissimo si fermò in città cinque giorni, soggiornando nel palazzo de Grazia. (Il palazzo che ha ospitato, in anni recenti, l’Istituto di musica cittadino.)

 Gli eventi storici portarono a una seconda occupazione francese della città dal 17 novembre 1805 fino al 14 gennaio 1806. La pace di Presburgo, la convenzione di Fontainebleau e quella definitiva di Schönbrunn, attuata il 14 ottobre 1809, posero le premesse per una divisione e mutilazione della Contea, confinandola nelle “Province illiriche” con capitale Lubiana. Qualche anno dopo, e precisamente nel 1813, la Contea ritornò agli Asburgo.

 Negli anni seguenti, dopo aver superato mille difficoltà sia di carattere economico sia morale, viste le lunghe guerre e occupazioni subite (viene ricordato tristemente il 1817, anno della fame, in cui per malattie e inedia morirono diverse migliaia di persone, con conseguente vistoso calo demografico), la forte volontà di riemergere da parte di tutti fece sì che la Contea iniziasse, complice un lungo periodo di pace, a ravvivare e recuperare quel centro commerciale, agricolo e industriale che ebbe nei decenni passati.

Durante il periodo delle Province Illiriche (1809-1813)  create dall’occupazione francese, con capitale Lubiana, la Contea fu ricomposta territorialmente e si ritagliò una certa autonomia amministrativa, dividendo il territorio in diversi distretti, dei quali i più importanti furono: Gorizia, Monfalcone, Gradisca, Cormons, Cervignano, Sesana, Tolmino, S. Daniele, Vipacco; mentre il Friuli venne inglobato nel Regno lombardo-veneto. Dopo il ritorno agli Asburgo (dal 1813) il 26 febbraio 1861 alla Principesca Contea di Gorizia e Gradisca fu riconosciuta da parte dell’Impero piena autonomia, facendo parte del Litorale. Furono riordinate le scuole nei vari istituti e creati anche di nuovi, specie in ambito religioso; diversi ordini ritornarono in città, dopo il voluto trasferimento attuato da Giuseppe II, figlio di Maria Teresa. Sviluppo maggiore ebbe il seminario teologico, che dopo decenni di chiusura fu riaperto nel 1818, seminario fondato e fortemente voluto da Carlo Michele d’Attems nel 1757.